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　　药物的化学结构与药理活性或毒性之间的关系称为构效关系，是药物化学的主要研究内容之一。药物化学结构的改变，包括其基本骨架、侧链长短、立体异构、几何异构的改变均可以影响药物的理化性质，进而影响药物的体内过程、药效乃至毒性。了解药物的构效关系不仅有利于深入认识药物的作用，指导临床合理用药，而且在定向设计药物结构，研究开发新药方面都有重大意义。

　　20世纪60年代发展的定量构效关系，是一种借助分子的理化性质参数或结构参数，以数学或统计学手段定量研究有机小分子与生物大分子相互作用，以及有机小分子在生物体内吸收、分布、代谢、排泄等生理相关性质的方法。这种方法广泛应用于药物、农药、化学毒剂等生物活性分子的合理设计。在早期的药物设计中，定量构效关系方法占据主导地位。

　　90年代以来，随着计算机计算能力的提高和众多生物大分子三维结构的准确测定，人们运用分子形状分析距离几何、比较分子力场分析、比较分子相似性指数分析等方法，分析药物分子三维结构与受体作用的相互关系，深入地揭示了药物与受体相互作用的机制。基于分子结构的三维定量构效关系逐渐取代了定量构效关系在药物设计领域的主导地位，至今已成为计算机辅助药物设计的基本手段与分析方法。

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